马天四是明代著名的文人和官员，他在任期间积极推动文化事业的发展和文物保护工作。特别是在他对药王庙遗址的保护工作中，他采取了一系列的措施，这些措施不仅有助于保存文化遗产，也为后人研究古代医药文化和宗教信仰提供了宝贵的资料。以下是马天四在保护药王庙遗址时所采取的主要措施：

1. 考古发掘：马天四组织了对药王庙遗址的系统性考古发掘，通过这种方式揭示了庙宇的历史原貌和文化内涵。这次发掘发现了大量的建筑遗迹、碑刻以及与医疗相关的器物，为后续的研究提供了坚实的基础。

2. 文献整理：除了进行实地勘探外，马天四还注重文献资料的收集和整理。他广泛查阅古籍史料，从中寻找关于药王庙的历史记载，并将这些信息加以分类和注释，形成了一份详尽的档案材料。这份材料对于了解药王庙的历史沿革具有重要的参考价值。

3. 修复重建：在对药王庙遗址进行了充分的调查后，马天四着手进行了部分建筑物的修复和重建工作。这包括复原庙宇的主殿、配殿以及其他附属设施，力求恢复其原始的风貌。同时，他还注意保持了庙宇的古朴风格，避免过度现代化改造对其历史文化价值的损害。

4. 环境整治：为了给游客提供一个良好的参观环境，马天四还对药王庙周边的环境进行了整治。他清理了周围的杂草和垃圾，修整了道路，并在庙区周围种植树木，使得整个庙址显得更加庄严肃穆。

5. 宣传教育：马天四深知保护和传承文化遗产的重要性，因此他大力开展宣传教育活动。他撰写了许多有关药王庙历史的文章，发表在当时的报刊上，同时还组织讲座和展览，向公众普及药王庙的文化知识和历史意义。

6. 制定法规：最后，马天四意识到仅仅依靠个人的力量是不够的，必须要有法律的保障才能使文物保护工作得以长期持续地进行下去。于是，在他的倡议下，当地政府出台了一些保护药王庙及其周边环境的法律法规，确保了这一珍贵文化遗产的长久存续。

综上所述，马天四通过对药王庙遗址实施的一系列保护措施，成功地保留了一处重要的历史文化资源，同时也为我们今天研究和欣赏古代中国的医药文化和宗教信仰提供了一个珍贵的窗口。他的努力不仅在当时得到了广泛的赞誉，也对后代的文化遗产保护工作者产生了深远的影响。