在探讨如何系统地探究历史文献的深层含义时，我们需要遵循一套严谨的方法论和研究步骤。以下是一些关键点和建议：

1. 选择适当的文献

首先，研究者需要确定研究的领域和时间范围，然后从可靠的来源中选择具有代表性和权威性的文献进行深入分析。这些文献可以是官方史书、私人日记、信件、文学作品等。

2. 熟悉背景知识

在开始阅读文献之前，研究者应该先对所选文献的历史背景有所了解。这包括当时的政治环境、社会结构、文化传统以及可能影响文献内容的其他因素。通过这种方式，可以更好地理解文献中的事件和观点。

3. 仔细阅读与摘录

在阅读过程中，应注重细节，不放过任何可能有用的信息。同时，对于重要的或难以理解的段落，应当做详细的摘录或笔记，以便后续的分析。

4. 语言和文化解读

由于历史文献往往使用古文或者特定时期的语言风格，研究者需要具备良好的古代汉语基础，或者能够找到专业的翻译帮助。此外，还需要考虑当时社会的文化和价值观是如何反映在文本中的。

5. 上下文分析和比较

将文献置于更广阔的时代背景下进行分析，可以帮助我们理解其与其他历史事件的关联。此外，还可以通过对不同文献之间的比较来加深对这些事件的理解。

6. 批判性思维

在解读文献时要保持批判性思维，避免盲目接受作者的观点。要思考作者可能的偏见、动机以及对事实的选择性描述。同时，也要注意文献是否有可能被后人篡改或误传。

7. 结论和讨论

在对文献进行了系统的研究和分析后，研究者应该形成自己的结论，并在学术界展开讨论。这一过程有助于检验研究成果的有效性和可靠性。

8. 持续学习和更新

历史研究是一个不断更新的领域，新的发现可能会改变我们对过去的认识。因此，研究者需要不断地学习最新的研究成果，并对自己的观点进行修正和完善。

综上所述，系统地探究历史文献的深层含义需要综合运用多种学科的知识和方法，如历史学、语言学、文化研究等。只有这样，才能真正挖掘出历史文献的价值，为我们的理解和认识提供更加全面和深刻的视角。