确保安徽省检察机关在保护历史文化"活化石"过程中的资金合理使用，需要采取一系列的措施来加强对资金的管理和监督。以下是一些关键步骤和建议：

1. 制定明确的预算计划：

2. 在开始任何项目之前，安徽省各级检察机关应与相关部门合作，共同制定详细的年度预算计划。该计划应该包括预期的支出、项目的优先级以及资金的使用目的。

3. 建立透明的财务管理体系：

4. 建立一套完善的财务管理制度，明确规定资金的来源、分配和使用程序，确保每一笔资金的去向都有据可查。同时，定期公开财务报告，接受社会公众的监督。

5. 强化内部审计机制：

6. 检察机关应当建立健全内部审计制度，对所有涉及文物保护和文化传承的项目进行严格的内部审计，及时发现和纠正可能存在的问题。

7. 加强外部监督：

8. 与财政部门和其他监管机构保持紧密联系，主动接受他们的检查和指导。此外，还可以邀请第三方专业机构对重大项目进行独立评估，以确保资金使用的公正性和有效性。

9. 提高工作人员的专业素养：

10. 对相关工作人员进行培训，提升他们对文物保护法律法规的理解和对财务管理的认识，确保他们在工作中能够正确理解和执行相关的政策法规。

11. 优化项目管理流程：

12. 对于每一个文物保护和文化传承项目，都要严格遵循既定的项目管理流程，从立项到验收的全过程都应该有清晰的记录和规范的操作。

13. 推动公众参与和社会监督：

14. 鼓励社会各界参与到文物保护和文化传承的工作中来，通过举办讲座、研讨会等形式宣传文物保护的重要性，同时也让公众了解和支持检察机关的相关工作。

15. 持续改进和完善：

16. 根据实际工作的反馈和经验教训，不断调整和完善现有的资金管理和监督体系，确保其始终处于高效运行的状态。

综上所述，要确保安徽省检察机关在保护历史文化"活化石"过程中的资金合理使用，需要多方面的努力和协同配合。通过上述措施的实施，可以有效地防止资金被滥用或浪费，确保每一分钱都真正用于保护和弘扬优秀的历史文化传统上。